明初，统治者重用来自南方的正一道。全真道被排除出道教管理机构，弘教发展受到了诸多限制。因此，这一时期的全真道显得颇为沉寂，少见于正史记载。但是，属全真一系的张三丰却以其隐仙风范受到了明统治者推崇，声望弥高。社会上还兴起了寻访张三丰的热潮，他的活动为沉寂的明代全真道注入了发展活力。
张三丰的生平和修道隐遁事迹都充满着神秘色彩，留下了许多难以考证的记载。从目前留存的记载中并未发现张三丰道派身份，其仅以游方高道身份收徒授道。因此，其道派宗属也便有些模糊不清。任继愈主编《中国道教史》认为“张三丰当时似未创宗立派，但他门下形成了一个与全真教义教制、宗风都有所不同的道派。张三丰的学说与陈抟一派有渊源关系，但陈抟一系，亦与全真道同源，张三丰的学说、行径更多源自全真道者，张三丰一派当属元明间新出的全真支派。”；卿希泰主编《中国道教史》中亦言：“其隐仙风格，上承陈抟，而更显示出全真道风格之一面。……从张三丰的隐逸之风看，其思想行径与陈抟确有渊源关系。《道统源流》谓张三丰于元代师陈致虚，不知何据。”黄兆汉《明代道士张三丰考》从张三丰入手，认为张三丰的丘玄清、卢秋云、王宗道都或多或少与全真道有关，既然是全真道士，那么他们的老师张三丰也应该是全真道士，否则与理是说不通的。从明代当时的情况上来看，官方是将张三丰归为全真一派的，张三丰的王宗道被明政府授予了全真度牒。另据明葛寅亮《朝天宫重建全真堂记》记载“夫修真者，孤处云居，栖岩屋树，遗谢世罗，纵情独往，草衣木食不为苦，餐风饮露不为槁，彼何屑躄风尘，眷留都会一方幅地居之？考之国初，圣祖楹图一时，周颠仙、冷协律、张三丰、尹蓬头皆以霞绡云佩之姿，从驾临阵，浮波立浪”。可见，在当时民间社会将周颠、冷谦、尹蓬头与张三丰等人都归为全真。
关于张三丰的师承，宝鸡金台观现存明天顺六年《张三丰遗迹记》中记载“真仙陕西宝鸡人，大元中于吾河南开封府鹿邑太清宫出家。吾先世开封之柘城县人。柘城与鹿邑近犬牙相住，吾家离宫仅十五里。”此碑书于天顺六年，堪称最早谈及张三丰的师承的文字记录，可靠性较高。明陆深的《玉堂漫笔》沿袭了这种说法，后来的《明史稿》中也采用了这一说法，但言“不可考”。从各地记载张三丰行迹来看，张三丰确在明初活动于河南、安徽一带。如：乾隆《江南通志》记载：“明张古山，颍州人，生而端重，父母欲为娶妻不从，入迎祥观为道士，久之召为武当山提点，能言未形事，后入山采药不知所终。相传张三丰游颍，古山师事之，遂得其术。今迎祥观有混元衣，体制特异，或云三丰所留也。”明任自垣《敕建大岳太和山志》载：“张古山，颖上人，居太行王屋山天坛。养素葆和，勤修至道。永乐十五年，朝庭闻其道行，赐大岳太和宫提点。永乐十六年秋，于清微宫解化。葬于桧林庵。”顺治《河南通志》又载：“明张三丰，辽东人，或云宝鸡人。洪武初往来襄、邓、许、颍之间，尝居汝州炼真宫，人莫之识已而去，又寓汴延庆观。” 颍州与汴梁皆去鹿邑不远，因此，元中期，张三丰在鹿邑太清宫出家的可能性还是比较大的。
鹿邑太清宫在金末毁于战火。后奉蒙元海都太子之命，丘处机张志素与郝大通王志谨在亳州万户张柔的协助下开始重建太清宫。不久，王志谨物故，张志素独立承担重建工程。太清宫竣工后，朝廷特旨赐张志素“应缘扶教崇道大宗师”，命住持太清宫。张志素为随丘处机西行的“十八宗师”之一，教内威望极高，他在太清宫经营十余年，广收门众，太清宫道侣云集，玄教日兴。元末，红巾军刘福通建都亳州，拆太清宫建宫阙，太清宫再次被毁。由此看来，张三丰如出家于鹿邑太清宫的话，应为丘处机张志素的法裔。他在元末太清宫被毁之后，开始四处游历。因此，陈教友在《长春道教源流》中将张三丰归入丘处机后全真法嗣是有一定道理的。
张三丰全真道派身份的模糊与明代道教发展的趋势有很大关系。从元代后期开始，道教各派便开始相互融摄、相互学习道法。明初寺观合并后，不同道观与宗派的道士合居于同一道观之中，全真、正一相互拜师学习，道派师承更加模糊。明代有很多正一道士拜全真道士为师。天师张宇初所编撰《道门十规》中，号召正一道士学习全真道的真功和教制、教风，其本人也师从刘渊然学习全真内丹术。而反过来说，全真道士学习正一道法的情况则更为普遍。明代全真道失去统治者的支持，正一科仪法术成为其在民间生存的重要手段。此外，正一道士多在道教管理机构占据领导地位，具有较强的社会影响力，政府在发放度牒方面也给予正一道更大的方便，这些都吸引了一些全真道士拜正一道为师。这样一来，明代全真与正一之间的道派师承关系更加模糊，许多道士兼有多派传承，甚至一些全真道士拿正一道的度牒，不再表明自己的全真身份。明代全真道整体上的松散状况及其与正一诸派之间的师承交错最终导致了旨在强化全真教内部道派传承的“派字谱”开始兴起，派字谱逐渐成为全真道士身份认同的重要标志。
张三丰作为明代著名的隐仙道士，明清之际很多地方文献中记载有他的行迹。他所驻留的地方很多与全真道观有直接关系。元末明初，北方的全真道观在战火中遭遇毁灭性打击，像大长春宫一样毁于战火的全真宫观不在少数。道观残毁以后，道众四方星散，许多宫观的全真传承也就中断了。因此，陈教友在著《长春道教源流》之时，曾感叹道：“当明之世，全真之显著者多出南方，而北方无闻焉，岂元末北方大乱，于时宫观残毁、徒众星散，遂尔失传耶？”除了战乱之外，明代统治者的政策与态度也是导致全真道观减少的原因之一。朱元璋实行道观合并政策，废止大量道观，将各派道士集中于一个道观，道教的管理者往往是正一道士，使得道观属性难以确定。同时，朱元璋认为全真道修身养性独为自己，正一道益人伦、厚风俗。全真道士应潜隐深山，并不得创建庵堂。明政府所发放的全真度牒也远远少于正一度牒。因此，明代，很多北方道观全真传承中断，直到清代才又复兴。但是，与张三丰行迹相关的全真道观在明代大多还是保留了全真传统，这应该与明统治者对张三丰的崇敬活动有很大关系。
首先，北方地区最著名张三丰遗迹应属陕西宝鸡的金台观。金台观的修建与张三丰有直接关系。《宝鸡县志》引旧志言：“张三丰修道之所，元末邑人杨轨山等修。明宣德八年侍郎张用澣重修，嘉靖二十九年里人赵世凤修观”。《明一统志》载：“张三丰，居宝鸡县东三里金台观。本朝洪武二十六年九月二十日，自言辞世，留颂而逝。民人杨轨山等置棺殓讫。临葬发视之，三丰复生”。观内张用澣撰《张三丰遗迹记》云：“真仙与吾高祖荣相识，常往来于家，托为施主、最亲密，亦爱重吾父叔廉公勤学。元末，吾父避兵来邑，占籍为是邑人。真仙洪武中亦来邑之西关玉阳观，与道士李白云老先生交甚厚，旅寓数月。……予时虽幼穉，闻斯言常记之于心。兹适分廵宝鸡，公暇乃游真仙旧时修真洞”。可见，无论是杨轨山还是张用澣，其对金台观的修建均与张三丰的神异事迹有关。另外，据观内《朝阳洞暨新开吕祖洞文昌祠碑记》记载，嘉靖二十九年“观有修真、朝阳、飞升诸洞，后稷、三官、三清、玄帝诸殿，五祖、七真团标。前为玉皇阁，朱楹雕槛，极为壮丽。古柏数株，传是张真手植”。此时的金台观内已经建有五祖七真团标，可见，金台观在明代仍属全真道。
除金台观之外，陕西安康的香溪洞与汉中丰都山也有两处张三丰遗迹。雍正《陕西通志》卷二十九载“纯阳宫，即柴扉道院。在州旧城东南隅，相传吕仙遗迹，明万历中重修有记。本朝康熙六年，知州王章重建后毁，知州牟文龙重建。其一在州南七里之香溪溪南，为纯阳洞，有遇仙桥、玉皇阁。昔年楼台掩映，竹树阴森，宛如图画，吕纯阳、郭尚灶常栖迟于此。明永乐中，大宗伯胡濙受命访仙人张三丰，题诗崖壁。” 胡濙诗云：“枝头小鸟语间闗，野径无人自往还。扶杖香溪临絶壁，石桥空听水潺潺”。可见，香溪洞在明代为柴扉道院，乃是祭祀全真祖师吕洞宾的道场，胡濙寻访张三丰曾在此题诗，香溪洞应是张三丰曾经出现的地方。《陕西通志》同卷又载：“崇道观，在县西北二十五里酆都山，宋元丰年建，元明迄今累代修葺不废，相传张三丰尝居焉。明永乐间，命给事中胡濙访三丰，至酆都山观中，三丰正趺坐古柏下，咫尺不见。云至今柏树下蝼蚁不生。酆都山自西蜀青城山分脉而来，古称洞天福地，昔有道者王道岩偕门人郭崇仁辈建观其上，明洪武年住持刘清溪修、王翼记县志本观碑”。酆都山至今留存有景泰二年《丰都山图景碑》，碑中载有李道安、李道岩、姚道生、白崇诚等道士题名。“道、崇”二辈字相连乃是全真华山派字谱。明代崇道观应该也是一座与张三丰相关的全真道观。
同时，与宝鸡相邻的甘肃平凉地区也出现了关于张三丰的记载。崆峒山为天下名山，更是甘肃民众的祭祀中心。嘉庆《崆峒山志》上卷称：“张三丰，元末居金台观修行，成真证道。……后入太和山，寻入蜀，又入武当山，。洪武初遣三山高道访于四方，避诏弗至。……成化年游崆峒五年，人皆不知。”这里将张三丰的活动年代后推至成化年间，似不可信，但其记载张三丰在洪武初尝游崆峒，还是很有可能的。崆峒山上现存有《重刊张三丰避诏碑》，碑云：“张真人回书：一叶扁舟出离尘，二来江上独称尊，三向蓬莱寻伴侣，四海滩头立姓名，五湖浪里超生死，六渡江边钓锦鳞，七弦琴断无人续，八仙闻我也来迎，九霄自有安身处，十载皇萱不负恩，烧丹炼药归山去，那得闲心捧圣文。万历四十三年六月吉日主持道人霍真祥，徒张常明立。重刊立石，刻石匠李功能孙。大清乾隆岁次戊午四月初一日。主持全真道人谈本玉。”可见，在明代崆峒山便有张三丰避居崆峒等传闻轶事。嘉靖年间，全真龙门派道士霍真祥在韩藩王室的支持下整修崆峒山时，曾刻碑宣传张三丰在崆峒山隐居避诏的事迹。此外，位于甘肃陇南的金莲洞在明代也出现了关于张三丰的传闻。嘉庆《徽县志》载：“张三丰，初居武当山中二十二年，云游长安，既至陇右，居金莲洞。”同《志》收录胡濙《金莲洞》诗：“香书久慕嗟无缘，遍访丰师感应虔。万载红岩生玉笋，千年碧洞结金莲。云深喜见通明日，雨骤知逢黯淡天。峭壁真光邀永劫，赤心愿睹白衣仙。”金莲洞所在之陇南位于宝鸡入川的必经路径之一，张三丰曾居宝鸡金台观，后游四川。明初胡潆奉旨寻访张三丰，亦曾到达陇南一带。金莲洞现存明代碑铭数通，其中，弘治《重修金莲洞三元圣像记》载：永乐庚寅，敕礼部尚书胡荣，捧香书拜谒，题诗、壁记。后复敕使张于恩、监生韩鹏，全真□□真，亦赍香书拜谒，非灵应矣。正德《新修九皇洞记》亦载：“皇明永乐初，太宗皇帝接至人张三丰于宣政殿，才数语，忽瞑晦不知所之，即遣礼部尚书胡荣，遍天下名山古洞而旁访焉，蹑跡至此，守洞者报曰：某年某月某日有一赤脚道人，披氅衣，曳九节杖，昂昂而来，憇半饷，问其姓名不答，径去，随有异香芬馥，经旬不散。公曰：此非三仹仙师降临之时也，即赍捧香书，惆怅留题而返。”碑阴题名有：“上清大洞法师本洞住持静贞子樊教明，门人吕演清、樊演济。玉清宫道士辛玄文、张景通，陈静明”。由此可见，在永乐年间，就有全真道士赍香书拜谒金莲洞。正德年间金莲洞住持虽称“上清大洞法师”，但“教、演”、“玄、静”等辈字乃是全真华山派与龙门派辈字。
张三丰学道于鹿邑太清宫，又曾在河南一带游历。因此，河南地区也有很多关于张三丰遗迹记载。顺治《河南通志》记载“明张三丰，辽东人，或云宝鸡人。洪武初，往来襄、邓、许、颍之间，尝居汝州炼真宫，人莫之识已而去。又寓汴延庆观时，大理卿王公宇为婴儿，三丰过其里，见而异之，谓人曰：此儿他日必贵显后果如其言天顺二年羽化于成都鹤鸣山诏封通微显化真人。”此处，汝州炼真宫疑为裕州炼真宫，据河南方城县（裕州）所存大明成化十二年所立《重真宫记》记载：“我朝永乐二年，副都纪赵德铭募人资助，肇造三清、祖师、关王殿宇、圣像及粧塑群真仪容，以为尊承道教之归。时张三丰真人寓居是宫三载有奇，羽仙之流咸沐阐教余光矣。续有住持高复初增修内外山门、方丈等房。”张三丰所题《书炼真宫壁》在《嘉靖南阳府志》、《嘉庆裕州志》及《方城县志》中均有记载，诗曰：“悟得惺惺学得痴，到无为处无不为。两脚任踏尘里去，一心只与命相随。眼前世事只如此，耳畔风声总不知。有时四大醺醺醉，笑问青天我是谁”。另外，通志中还记载张三丰曾寓居汴梁延庆观。延庆观的前身为元代著名全真道观大万寿朝元宫，元末刘福通将其废止。洪武六年设道纪司于内，后经多次重修，殿宇巍峨。《如梦录》中记载有明代延庆观概况：“延庆观，大门三间，门前有石狮一对。大门内向东，有关王庙三间；向南，二门三间，正殿供三清天尊。殿后有八瓣琉璃塔，上圆下方，内外纯砖砌就，约高四丈，三层。最上一层，向北檐下，刻“通明阁”三字，行书，字大尺余；下层向南，有洞，内供元帝，并有张三丰遗迹。西有小殿三间，内住全真道人。地极清幽，过往官员、清客、巨商多于此寄寓。”在此不但提到明代延庆观内有张三丰遗迹，还明确指出内住全真道人，可见明代延庆观仍是一座全真道观。
最后，在全真道兴起的山东地区也有张三丰的行迹记载。康熙《山东通志》记载：“张三丰，本贵州黄平人。永乐间，来隠青州云门洞，不出一日，往游劳山，居民苏观礼之甚恭。三丰取担头耐冬花一枝，挿现庭前，枝叶菁葱经愈茂。至正月花发，清艶不凡。分枝移之，辄萎死，葢上仙葩也。” 明黄宗昌《崂山志》亦载“明永乐间，有张三丰者，自青州云门，来于崂山下居之居民苏观礼焉。邑中初无耐冬花，三丰自海岛中携出一本，植现庭前。虽隆冬严雪，叶色愈翠，正月即花，蕃艳可爱。今近三百年，柯干大小如初，或分蘖株别植，未有能生者。”青州云门山今存有明嘉靖年間馬丹陽浮雕像；明万历年间《云门山新建吴天宫碑记》中亦有“一、阳、复等辈字全真龙门派道士题名。而明代崂山的全真道则更为兴盛。万历二十三年，崂山太清宫被佛教侵占，全真道士耿义兰将御状递给神宗。神宗降旨毁寺复宫，并斥巨资重修太清宫，颁赐《道藏》一部为镇山之宝，敕封耿义兰为“扶教真人”，钦赐御伞御棍、金冠紫袍，永镇道场。明代全真教支派随山派、鹤山派、金山派、金辉派与阎祖派的创派均与崂山有着密切的关系。其中，徐复阳所创立的鹤山派或为龙门派与张三丰道派相结合的产物。
明代，张三丰隐遁高蹈、避诏不现，在朝野上下可谓是声名赫赫。再加之他洒脱不羁的风度和超常的气功异能，使得他在短短的几十年间被各个阶层奉为神仙。关于他的各种神奇传说广为流传，各地为其建庙、塑像，加以崇拜。明初的张三丰崇拜对全真道产生了重要的影响。
首先，张三丰行为事迹为全真教面向民间社会发展做出了榜样，扩大了全真道在世俗社会的影响。张三丰以隐逸而著名，在明代社会影响很大。随着屡次寻访不得，张三丰不慕权贵，隐遁高蹈的宗师形象更加深入人心。从各家记载中，张三丰混迹于世俗社会的底层民众之中，生活艰苦，却有着奇异的能力，为民众解决疾苦。他的苦行风范和高深道行体现世俗社会对于道教神仙的标准。因此，张三丰成为了民众心目中的活神仙。关于其神迹与圣物的传说屡见不鲜，大江南北到处都流传其济世度人的故事。全真教在元代后期因上层的腐化而由鼎盛走向衰落。明朝建立以后，统治者重视正一道，全真道失去上层发展空间，甚为沉寂，罕见有影响的高道出现。受皇帝征召，赐号封官者更少。而张三丰的独树一支为明代的全真道士们做出了榜样，他们改变了元末全真教上层的奢靡风气，恢复了传教初期的精严戒律与清修传统，生活艰苦，戒行精严。许多全真道士兼修正一的科仪法术，并掌握有一定的医药养生知识，在民间社会受欢迎。明代全真道士的奇行异迹与为民疗疾苦的慈善行为，不但吸引民间的大量信徒，而且逐渐影响到了一批文化精英，为后来全真教的复兴奠定了基础。
其次，张三丰的神迹与圣物成为全真道观发展的文化资本。张三丰在明朝是举世敬仰的“活神仙”。其在全真道观的驻留以及所留下的神迹与圣物，都是道观宝贵的精神财富。以宝鸡金台观为例，相传张三丰曾在此死而复生，并留下有亲植古柏、九节藤杖、混元衣等。这些仙迹、圣物使金台观除了作为道教活动基地之外，还成为了当地著名的文化景观。地方官绅对其极为重视，来此寻访仙迹的文人士大夫络绎不绝。推凤翔府事范宗镇曾将明永乐、天顺皇帝《赠张三丰书制》刻碑立于金台观，并写下《谒仙师张三丰洞用南阳张公韵》。诗中有云：“九节苍藤杖还在，三篇玄要道传真”，便是指张三丰所遗留下来的九节藤杖。还有明代天文学家、陕西按察副使邢云路在游宝鸡金台观时，见张三丰九节杖、混元衣仍在，写下“修真何处觅层城，观起金台接太清；鸠杖尚留九节在，霞衣犹见五株轻”等句。名士的驻留与推崇，无疑给道观带来一种名人效应，使得这些道观声名远播，香火鼎盛。张三丰的仙迹传说与众多文士高贤为道观撰写文章或题咏可以看作一种象征性资本或文化资本，这些文化资本能够给寺观带来巨大的社会影响，这些社会影响转化为经济资本便是道观香火的旺盛与规模的发展。
最后，张三丰作为明代内丹大家，对于全真内丹术在明代社会的传播起到了重要作用。明代，世俗社会对于内丹炼养的接纳深度与广度在中国历史上都堪称空前绝后。其时，社会各阶层，上至皇帝、藩王，中至知识精英，下达底层民众都有不少成员，通过不同方式参与内丹术的与传播。张三丰作为著名全真高道，其内丹著作在社会中影响广泛。据明代朱睦楔著《万卷堂书》记载，张三丰内丹著作有《金丹小成》一卷、《金丹直指》一卷、《修养保身秘法》一卷；黄虞稷撰《千顷堂书目》载有《金液还丹捷径口诀》一卷、《金丹直指》一卷；《明史·艺文志》载有《金丹直指》一卷、《金丹秘旨》一卷。宝鸡金台观《赠张三丰书制碑》记载，张三丰曾著《金丹玄要》三篇。嘉靖《天水冰山录》又载，在查抄严嵩时，还发现其藏有手抄本的《张三丰金丹节》一部。清代，四川乐山人李西月吸收张三丰内丹炼养之道，创立内丹西派，算是张三丰内丹学说的继承者。